پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی کوچک برای جمع‌آوری سلول‌های او آغاز می‌شود. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از این سلول‌ها برای ساخت یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری انرژی ضد هسته‌ای) استفاده می‌کند. آن‌ها از یک متخصص ژنتیک به نام گنشیرو شیراگامی کمک می‌خواهند که آزمایش‌های او منجر به یک جهش ژنتیکی جدید می‌شود.

با ظهور مجدد گایوس، پیوند گامرا با بشریت قطع شده و رابطه او با آساکی از بین رفته است. ناگامینه و آساکی در حال تحقیق هستند که دختری یتیم به نام آیانا موجود جدیدی را کشف می‌کند و نام او را ایریس می‌گذارد. ناگامینه و آساکی باید پیش از آنکه آیانا انتقام خود را از گامرا، که او را مقصر مرگ خانواده‌اش می‌داند، بگیرد به او برسند.